Szukaj

Zaloguj

Zaloguj się

Jesteś nowym klientem?

Zarejestruj się

Szukaj

Zaloguj

Zaloguj się

Jesteś nowym klientem?

Zarejestruj się
Strona Główna/Artykuły/KSeF - ryzyka i wyzwania

FINANSE

KSeF - ryzyka i wyzwania

Wprowadzenie obowiązkowego Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) zapowiada rewolucję w polskim systemie obiegu faktur, szczególnie w kontekście monitorowania i kontroli podatkowych. Obowiązkowy system e-fakturowania stanie się normą od 2026 r., co wiąże się z licznymi zmianami organizacyjnymi i technologicznymi, szczególnie dla branży transportowej, spedycyjnej i logistycznej (TSL). Przedsiębiorcy w tej branży, której procesy fakturowania są często skomplikowane i wymagają współpracy wielu działów, staną przed wieloma wyzwaniami.


Data publikacji: 18.11.2025

Data aktualizacji: 18.11.2025

Podziel się:

Jednak poza technicznymi trudnościami, KSeF niesie za sobą również istotne ryzyko związane z kontrolami podatkowymi, na które przedsiębiorcy muszą być szczególnie przygotowani.

Co to jest Krajowy System e-Faktur?

Krajowy System e-Faktur to system informatyczny stworzony przez administrację skarbową w celu uproszczenia procesu obiegu faktur i kontroli podatkowej. Działa on w oparciu o faktury w formie elektronicznej, które muszą być przesyłane do systemu w specjalnym formacie XML, zgodnym z obowiązującymi normami. Główne cele KSeF to uproszczenie raportowania podatkowego, zapewnienie większej transparentności oraz walka z nadużyciami w zakresie VAT. System ten, choć dobrowolny od momentu jego uruchomienia w 2022 r., zyskał na znaczeniu i w 2026 r. stanie się on obowiązkowy dla wszystkich podatników VAT. Oznacza to, że każda firma wystawiająca faktury VAT będzie przesyłała je bezpośrednio do Krajowego Systemu e-Faktur. Z perspektywy organów podatkowych system jest wyjątkowo skutecznym narzędziem do monitorowania obrotu gospodarczego w czasie rzeczywistym, co znacznie ułatwia przeprowadzanie kontroli podatkowych i identyfikowanie nieprawidłowości na wczesnym etapie.


Krajowy System e-Faktur to system informatyczny stworzony przez administrację skarbową w celu uproszczenia procesu obiegu faktur i kontroli podatkowej.


Jak działa KSeF? Zasady przesyłania faktur

Wystawianie faktur w systemie KSeF wiąże się z kilkoma kluczowymi wymaganiami, które przedsiębiorcy muszą spełniać. Przede wszystkim każda faktura VAT musi być przesyłana do systemu, a nie wysyłana bezpośrednio do odbiorcy. To oznacza, że nie tylko faktura musi spełniać określoną strukturę techniczną (logiczną), ale także trzeba zachować ścisłe terminy przesyłania danych do systemu.

Proces przesyłania faktur obejmuje następujące etapy:

  • Wystawienie faktury – firma generuje fakturę w systemie informatycznym, który następnie formatuje ją zgodnie z wymaganiami KSeF.
  • Przesłanie faktury do KSeF – faktura jest automatycznie przesyłana do systemu Krajowego Systemu e-Faktur. Jeśli faktura jest poprawna, system generuje potwierdzenie, że faktura została przyjęta.
  • Wysłanie faktury do odbiorcy – po zaakceptowaniu faktury przez system, dokument jest przesyłany do odbiorcy, który otrzymuje elektroniczną kopię faktury.
  • Przechowywanie faktury w systemie KSeF – faktura zostaje przechowywana w systemie przez określony czas, co ułatwia kontrolę i audyt podatkowy.

Główne cele KSeF to uproszczenie raportowania podatkowego, zapewnienie większej transparentności oraz walka z nadużyciami w zakresie VAT.


Wyzwania dla branży TSL

Branża transportowa, spedycyjna i logistyczna, która boryka się z wieloma złożonymi procesami fakturowania, będzie szczególnie narażona na trudności związane z wdrożeniem KSeF. W branży TSL proces fakturowania jest często skomplikowany i rozproszony, co zwiększa ryzyko popełnienia błędów w systemie KSeF. Każdy błąd w przesyłaniu e-faktur może prowadzić do nieprawidłowego odliczenia VAT lub wykrycia nadużyć podatkowych. Przykładowo, w firmach transportowych i logistycznych, które często obsługują międzynarodowe transakcje, łatwo o pomyłki przy klasyfikacji kontrahenta. Błędne przypisanie statusu kontrahenta jako „B2B” zamiast „B2C” może skutkować niewłaściwym przesłaniem faktury do KSeF, co w rezultacie prowadzi do naruszeń przepisów i potencjalnych kar.

Co gorsza, takie błędy mogą prowadzić do kontroli skarbowych, zwłaszcza jeśli stają się powtarzalne. Dodatkowo branża TSL zmaga się z wyzwaniem związanym z rozliczaniem wydatków pracowniczych. W przypadku wydatków na transport, takich jak paliwo, opłaty drogowe czy noclegi, firmy muszą szczegółowo ewidencjonować i przypisywać faktury do konkretnych projektów lub pracowników. Problemy mogą pojawić się, gdy faktury, zwłaszcza te otrzymywane tradycyjnie (np. papierowe), nie zostaną prawidłowo przypisane do odpowiednich transakcji w systemie KSeF, co może prowadzić do dublowania faktur, błędów w przypisaniu lub w końcu – kontroli podatkowych.

Kolejnym wyzwaniem jest kwestia załączników do faktur. W przeszłości KSeF nie przewidywał możliwości przesyłania dodatkowych dokumentów, takich jak potwierdzenia dostawy czy raporty wagowe. Choć projekt KSeF 2.0 wprowadził zmiany pozwalające na przesyłanie załączników, organizacja obiegu tych dokumentów wciąż może stanowić trudność. Brak wymaganych załączników w systemie KSeF może skutkować problemami podczas kontroli skarbowych, które mogą z kolei utrudnić weryfikację zgodności transakcji z przepisami podatkowymi. Przedsiębiorcy, którzy nie będą w stanie wykazać pełnej dokumentacji związanej z fakturami, mogą napotkać negatywne konsekwencje w trakcie kontroli podatkowych.


Każda faktura VAT będzie musiała być przesyłana do systemu, a nie wysyłana bezpośrednio do odbiorcy.


Kontrole podatkowe i nadzór skarbowy

Z perspektywy organów skarbowych, KSeF to narzędzie umożliwiające znacznie skuteczniejsze monitorowanie obrotu gospodarczego. W szczególności, dzięki danym z systemu, urzędnicy skarbowi będą mogli na bieżąco śledzić terminy wystawienia faktur, daty ich przesyłania do KSeF oraz ich poprawność. Co więcej, w przypadku wykrycia jakichkolwiek nieprawidłowości – np. braku faktury w systemie, opóźnień w przesyłaniu danych lub błędów w strukturze faktury – przedsiębiorcy mogą spodziewać się kontroli podatkowej.

Z perspektywy przedsiębiorcy kontrole te mogą mieć kilka wymiarów. Przede wszystkim, system KSeF pozwala na dokładną weryfikację, czy faktura została wystawiona na czas i czy zawiera wszystkie wymagane dane. Błędne wystawienie faktury lub jej nieprzesłanie na czas może wiązać się z poważnymi konsekwencjami podatkowymi. Zgodnie z przepisami, kary mogą wynosić nawet do 100 proc. kwoty VAT na fakturze. W skrajnych sytuacjach, w przypadku rażących nieprawidłowości, może zostać nałożona kara finansowa, a nawet odpowiedzialność karna skarbowa. Warto również zauważyć, że organy skarbowe będą mogły wykorzystać dane z systemu do przeprowadzania analiz prewencyjnych, które pozwolą na wczesne wykrycie nadużyć, takich jak próby wyłudzania VAT-u czy fakturowanie fikcyjnych transakcji. W związku z tym przedsiębiorcy muszą szczególnie dbać o poprawność danych przesyłanych do KSeF oraz zwrócić uwagę na konkretne wyzwania, z jakimi mogą się zmierzyć przy wdrażaniu systemu. Zrozumienie tych zagrożeń jest kluczowe, aby przygotować się na ewentualne kontrole i zminimalizować potencjalne straty.


Dzięki danym z KSeF, urzędnicy skarbowi będą mogli na bieżąco śledzić terminy wystawienia faktur, daty ich przesyłania do KSeF oraz ich poprawność.


Nieprawidłowa klasyfikacja kontrahentów

Branża TSL, ze względu na charakter transakcji, często ma do czynienia z kontrahentami zagranicznymi. W przypadku błędnej klasyfikacji kontrahenta, np. nieuznania zagranicznego podmiotu za „stałe miejsce prowadzenia działalności” w Polsce, może dojść do nieprawidłowego naliczenia VAT-u. Należy pamiętać, że każda faktura przesyłana do KSeF musi spełniać szereg wymagań formalnych i merytorycznych, w tym precyzyjne określenie danych kontrahenta, statusu jego działalności oraz odpowiednich stawek podatkowych. W przeciwnym razie, w przypadku wykrycia błędów, dokumenty mogą zostać odrzucone przez system, co prowadzi do konieczności ich ponownego przesyłania i może skutkować opóźnieniami, karami finansowymi oraz dodatkowymi kosztami związanymi z obsługą błędów.

Należy również pamiętać, że błędna identyfikacja statusu kontrahenta w systemie KSeF może wywołać szereg negatywnych konsekwencji, nie tylko w zakresie poprawności naliczenia VAT-u, ale również w kontekście sankcji związanych z niewłaściwym przesyłaniem faktur. W przypadku wykrycia takich nieprawidłowości przez organy skarbowe przedsiębiorcy mogą zostać obciążeni odpowiedzialnością za błędne wystawienie faktury, co w konsekwencji może prowadzić do nałożenia kar pieniężnych, a w przypadku rażących nieprawidłowości – również do odpowiedzialności karno-skarbowej. Zatem, przedsiębiorcy działający w branży TSL powinni szczególnie starannie dokonywać weryfikacji statusu kontrahentów, aby uniknąć takiego ryzyka.


Przedsiębiorcy działający w branży TSL powinni szczególnie starannie dokonywać weryfikacji statusu kontrahentów, aby uniknąć takiego ryzyka.


Ryzyka związane z integracją systemów i bezpieczeństwem danych

Wdrożenie KSeF wiąże się również z koniecznością zintegrowania systemów księgowych, sprzedażowych oraz innych narzędzi, używanych przez firmy, z nowym systemem rządowym. Integracja ta nie tylko wymaga dostosowania istniejącej infrastruktury IT do wymagań technicznych i prawnych KSeF, ale także zmiany procedur wewnętrznych, aby zapewnić pełną zgodność z nowymi regulacjami. Tego typu zmiany mogą prowadzić do szeregu wyzwań, zarówno na poziomie technicznym, jak i organizacyjnym. Z perspektywy technicznej proces integracji wiąże się z ryzykiem wystąpienia błędów w przesyłaniu danych, które mogą być wynikiem problemów z synchronizacją systemów, niekompatybilnością formatów danych, a także opóźnieniami w przesyłaniu faktur do systemu KSeF.

Złożoność tego procesu zwiększa się w przypadku dużych organizacji, które korzystają z wielu różnych systemów informatycznych, co może prowadzić do trudności w zapewnieniu ich prawidłowej współpracy. Ponadto, przedsiębiorcy muszą uwzględnić kwestie związane z cyberbezpieczeństwem, ponieważ każda integracja systemów IT wiąże się z koniecznością zabezpieczenia przesyłanych danych przed nieautoryzowanym dostępem. W przypadku niewłaściwego zabezpieczenia danych lub ataków cybernetycznych może dojść do utraty lub manipulacji danymi faktur, co prowadzi do poważnych konsekwencji prawnych i finansowych.

Dodatkowym ryzykiem związanym z wdrożeniem KSeF jest potencjalna awaryjność systemu. W przypadku problemów technicznych po stronie KSeF lub wewnętrznych systemów firmowych, przedsiębiorcy mogą napotkać trudności w terminowym przesyłaniu faktur, co wiąże się z ryzykiem nałożenia kar za opóźnienia. Systemy IT, które nie są odpowiednio przetestowane pod kątem awaryjności lub odporności na przeciążenia, mogą prowadzić do przestojów w procesie fakturowania i płynności finansowej firmy. W związku z tym przedsiębiorcy muszą przeprowadzać regularne testy integracyjne, wdrożyć procedury awaryjne oraz dbać o odpowiednią jakość zabezpieczeń technicznych, aby minimalizować ryzyko związane z nieprzewidywalnymi awariami systemu.

Konieczne wsparcie dla małych i średnich firm

Obowiązkowe wdrożenie KSeF w 2026 r. może stanowić wyzwanie szczególnie dla małych i średnich firm, które często nie dysponują odpowiednimi zasobami technologicznymi do integracji swoich systemów księgowych z Krajowym Systemem e-Faktur. W szczególności, firmy prowadzące działalność na mniejszą skalę mogą napotkać trudności w przystosowaniu swoich procedur fakturowania do wymagań systemu. Z tego powodu przedsiębiorcy ci mogą potrzebować dodatkowego wsparcia, np. w postaci konsultacji z doradcami podatkowymi lub dostępu do dotacji na modernizację swoich systemów IT.

Także biura rachunkowe, posiadające odpowiednią wiedzę i doświadczenie w zakresie obiegu dokumentów elektronicznych, mogą pomóc firmom w prawidłowym wdrożeniu KSeF oraz monitorowaniu poprawności przesyłanych faktur. Doradcy podatkowi natomiast, dzięki znajomości zmieniających się przepisów prawa, będą w stanie wskazać potencjalne ryzyka podatkowe związane z systemem oraz zaproponować odpowiednie rozwiązania, które pozwolą uniknąć sankcji. Współpraca ta jest szczególnie istotna w branży TSL, gdzie procesy fakturowania są rozbudowane, a błędy mogą prowadzić do poważnych konsekwencji finansowych. Przedsiębiorcy powinni więc zadbać o regularne konsultacje z profesjonalistami, którzy będą wspierać ich w codziennej obsłudze e-fakturowania oraz pomogą w utrzymaniu zgodności z wymogami systemu KSeF.

Ponadto wdrożenie KSeF wiąże się z koniecznością zapewnienia odpowiedniego szkolenia personelu oraz opracowania procedur awaryjnych w przypadku problemów z systemem, co może być obciążeniem finansowym i organizacyjnym. Jednakże, mimo początkowych trudności, w dłuższej perspektywie przedsiębiorcy mogą zauważyć korzyści związane z automatyzacją procesów fakturowania, bo pozwala ona zaoszczędzić czas i uniknąć błędów wynikających z manualnego obiegu dokumentów.


Wdrożenie KSeF wiąże się z koniecznością zapewnienia odpowiedniego szkolenia personelu oraz opracowania procedur awaryjnych.


Jak przygotować się na kontrolę podatkową w ramach KSeF?

Warto pamiętać, że choć system ma na celu uproszczenie obiegu dokumentów, nieprawidłowe wdrożenie, błędy w przesyłanych danych czy brak odpowiedniego nadzoru nad fakturami mogą skutkować poważnymi konsekwencjami. Aby zminimalizować ryzyko nieprzyjemnych konsekwencji związanych z wdrożeniem KSeF, kluczowe jest odpowiednie przygotowanie się do tego procesu. Oto kilka istotnych kwestii, które warto wziąć pod uwagę przy przygotowaniach do wdrożenia KSeF:

  • Dokładność danych: Każda faktura przesyłana do KSeF musi być zgodna z wymogami systemu. Oznacza to, że przedsiębiorcy muszą zadbać, by faktury były poprawnie wypełnione, zawierały wszystkie wymagane dane (np. numer identyfikacji podatkowej, dane kontrahenta, szczegóły transakcji). Błędy w fakturach, takie jak brakujące dane lub błędnie wskazane stawki VAT, mogą prowadzić do odrzucenia dokumentu przez KSeF, a w konsekwencji do problemów podatkowych.
  • Terminowość: Przesyłanie faktur do KSeF w wymaganych terminach to kluczowy element uniknięcia kar. Nawet drobne opóźnienie w przesyłaniu faktur może wiązać się z wysokimi karami finansowymi. Przedsiębiorcy muszą zatem opracować system monitorowania terminów fakturowania i przesyłania dokumentów, aby mieć pewność, że dokumenty trafiają do systemu na czas.
  • Weryfikacja kontrahentów: KSeF wymaga, aby wszystkie faktury B2B przechodziły przez system. Jednak przedsiębiorcy muszą szczególnie zwrócić uwagę na to, czy kontrahent spełnia określone warunki, np. czy posiada stałe miejsce prowadzenia działalności w Polsce. Błędna klasyfikacja statusu kontrahenta może prowadzić do problemów z obiegiem faktur i ewentualnych kar związanych z błędami w dokumentacji.
  • Przeszkolenie personelu: Wdrożenie KSeF wiąże się z koniecznością przeszkolenia pracowników odpowiedzialnych za fakturowanie, księgowość oraz obsługę systemów IT. Wiedza na temat działania KSeF, wymagań prawnych oraz procedur przesyłania faktur jest kluczowa dla uniknięcia błędów i zapewnienia zgodności z przepisami.

Wdrożenie Krajowego Systemu e-Faktur to krok w stronę uproszczenia procesów podatkowych i walki z nadużyciami, ale dla przedsiębiorców wiąże się to z wieloma wyzwaniami. Z perspektywy kontroli podatkowych KSeF umożliwia szybkie wykrywanie błędów i nadużyć, co może prowadzić do większej liczby kontroli skarbowych. Dlatego firmy muszą szczegółowo przygotować się na zmiany, inwestując w odpowiednie systemy, szkoląc personel i audytując procesy fakturowania. W przeciwnym razie mogą spotkać się z poważnymi konsekwencjami finansowymi i prawno-skarbowymi.

Amelia Oleszczak

– konsultantka w Zespole Postępowań Mariański Group Kancelaria Prawno-Podatkowa Sp.k.

konsultantka w Zespole Postępowań Mariański Group Kancelaria Prawno-Podatkowa Sp.k. Studentka ostatniego roku prawa na Wydziale Prawa i Administracji Uniwersytetu Łódzkiego. Wspiera Zespół w bieżących pracach związanych z obsługą przedsiębiorców i prowadzeniem kontroli podatkowych.

Monika Wolska-Bryńska

radca prawny

radca prawny, menedżer w Zespole Postępowań Mariański Group Kancelaria Prawno-Podatkowa Sp.k. radca prawny. Odpowiada za prowadzenie spraw klientów w ramach postępowań podatkowych oraz wtórnych do nich – postępowań zabezpieczających i egzekucyjnych. Reprezentuje klientów w sporach przed organami podatkowymi oraz przed sądami administracyjnymi. Występuje w postępowaniach karno-skarbowych. Specjalizuje się w prawie podatkowym.

Zobacz również


Przeczytaj